本发明公开了一种新型自动层析分离提纯装置,包括:接液机构,其可旋转支撑设置在水平面上;层析柱,其支撑设置在所述接液机构的上方;振动机构,其设置在所述层析柱的外壁上;橡胶套,其套设在所述振动结构外部;搅拌机构,其连通设在所述层析柱上方;两个进液罐,其分别与所述搅拌机构相连通,并设置在所述搅拌机构的上方。本装置设计了一种自动层析分离提纯的新装置,可实现将传统的层析柱和自动化设备紧密相连的全新装置,该装置不仅具有普通的柱层析分离提纯作用,与此同时该设备解决了柱层析实验过程中硅胶填装、上样繁琐、洗脱剂预先调配,洗脱剂浪费、流速控制、试管频繁更换等一系列自动化程度低的问题,节省了人力和时间。